В семь лет он дебютировал на сцене детского театра в роли Оливера Твиста, потом сыграл еще несколько небольших ролей, в том числе в одной из пьес Теннесси Уильямса. Джесси обожал и пыльный запах кулис, и предпремьерную суету за сценой, но куда больше актерской его тогда прельщала писательская стезя. Парню было шестнадцать, когда он рискнул отправить свое сочинение интеллектуалу Вуди Аллену. Рассказ был о... Вуди Аллене, который однажды решил изменить собственное имя. Ответ пришел довольно скоро — на бланке адвокатской конторы, представлявшей интересы режиссера. От молодого писателя потребовали срочно прекратить использовать имя их клиента в неуместном контексте. Джесси, конечно, расстроился, но сочинять не перестал. Его сборник небольших юмористических рассказов «От леща я икаю», который увидел свет в 2015 году, критика приняла благожелательно. Правда, к тому моменту Айзенберг уже стал известным голливудским актером — глупо отрицать, что это обстоятельство здорово сыграло ему на руку.
Впервые на телеэкране Джесси появился в пятнадцать в комедийном сериале «Будь собой», который, кстати, дал старт небезызвестной сегодня Энн Хэттэуэй. Айзенберг прошел отличную школу, отыграв в полноценном сезоне. Именно тогда молодой человек отчетливо осознал, что актерство чрезвычайно утешительно по своей природе. В реальной жизни ты можешь быть каким угодно — природа наделила Джесси худобой, сутулыми плечами, он казался хмурым, сосредоточенным на собственных переживаниях, но лицедейство поможет даже столь неказистому парню обрести уверенность в себе. Кроме того, оказалось, что Айзенберг со своей ужасной дикцией и повышенной нервозностью прекрасно подходит на роли проблемных персонажей, которыми так богат независимый американский кинематограф.
Первый и заслуженный успех пришел к Джесси в двадцать один, в драме «Кальмар и кит» он сыграл эксцентричного, нервного и очень несчастного молодого человека, чьи родители разводятся. Актерская судьба и дальше складывалась неплохо: Айзенберг регулярно принимал участие в независимых кинопроектах, где получал роли преимущественно лузеров и аутсайдеров.