Ее определили в Акатуйский острог, куда помещали политических и лиц, осужденных за подрыв — часто в прямом смысле — государственных устоев.
Тюрьма вместе с деревянными постройками примыкавшего к ней поселка: домами и службами администрации, казармой конвойной команды, располагалась в угрюмой глуши — котловине, окруженной со всех сторон сопками. До Читы шестьсот с лишним верст, единственная местная достопримечательность — могила декабриста Михаила Лунина.
Вскоре Каплан перевели в Мальцевскую тюрьму, где сидела известная эсерка Мария Спиридонова, совершившая теракт против усмирителя крестьянских восстаний в Тамбовской губернии Гавриила Луженовского. Ее приговорили к смертной казни, замененной вечной каторгой. В заточении Фанни со Спиридоновой сблизились.
Поразительный факт: Мария, завоевавшая огромную популярность благодаря громкому судебному процессу, и другие осужденные не брели в Забайкалье как Каплан — пешком и в кандалах, а ехали в пассажирском поезде! Ожидая появления знаменитой эсерки, на станциях собирались огромные толпы. Увидев ее, люди начинали восторженно скандировать: «Да здравствует Спиридонова! Привет Спиридоновой!» Они осыпали ее цветами, подарками, кидали свертки с едой.
Александра Измайлович, тоже эсерка, была близкой подругой Марии. Вместе с товарищем по партии Иваном Пулиховым она пыталась лишить жизни минского и киевского губернатора Павла Курлова. Суд приговорил обоих террористов к смертной казни, однако, как и Спиридоновой, приговор Александре заменили бессрочной каторгой.
Измайлович и Спиридонова, ехавшие в одном поезде, добрались до маленького городка под названием Сретенск, где пробыли несколько дней. Но дальше они и другие женщины не последовали пешком в Мальцевскую тюрьму — каторжанкам предоставили два вместительных экипажа. По свидетельству Измайлович: «В пути около полудня располагались в каком-нибудь хорошем местечке, около речушки, и часа три валялись на траве, купались, пили чай. Я первые дни много шла босиком. Но скоро пришлось сдаться. Ноги, обожженные горячим песком и исколотые, давали себя знать. Пришлось сесть в экипаж».
Жизнь на каторге, как оказалось, была отнюдь не каторжная. «Вот мы у ворот тюрьмы, — вспоминала Измайлович. — Здесь нас подхватила шумная волна, оглушила громом революционных песен, осыпала цветами. Как сквозь сон смотрели мы на происходящее. <...> Какие-то дамы, жены каторжан, повели нас в баню, потом кормили обедом, фотографировали. Во дворике среди зелени пили чай. По приезде нашем заходил к нам начальник тюрьмы. Расшаркивался, пожимал руки и все спрашивал, удобно ли будет нам в наших каморках».