Однокурсникам она казалась отстраненной, загадочной или же наоборот чрезмерно дружелюбной, словно она старалась этим завоевать их симпатии. А когда сдавшись, Натали начала общаться исключительно с отличниками, это тем более вызвало в студенческих «массах» неодобрение и настороженность. Тем более что возвращаясь с очередных съемок «Звездных войн» или пресс-мероприятий, она выглядела несколько затравленной и даже испуганной. Как вспоминал один из однокурсников актрисы: «Портман смотрела на меня как на сталкера. В испуге могла отпрянуть, стоило кому-то войти в комнату, где стояли стиральные машины. А потом мы поражались тому, как она жеманничает на шоу у Дэвида Леттермана, отвечая на вопрос об университетской жизни. Она выглядела как дурочка. Все это было чертовски странно и никак одно с другим не стыковалось».
Родители очень сильно переживали за дочь, винили себя, что из-за них в ее жизни столько проблем. Сожалели, что позволили Натали попасть в лишенный моральных устоев мир шоу-бизнеса. Но она была совершенно равнодушна к бесконечным вечеринкам, гулянкам и прочим сомнительным удовольствиям, от которых многие в Голливуде начинают просто сходить с ума. Натали не привлекали подобные аспекты голливудской жизни. Но и осуждать, например, скандальные похождения Линдси Лохан или Пэрис Хилтон она не желала. И не потому, что ничего не знала о них: «Каждое мгновение своей жизни я отдавала себе отчет в том, что мои родители пойдут на край земли, только чтобы меня защитить. Когда за тобой такая крепость, нельзя судить того, у кого ее нет. А нет такой крепости за спиной у большинства людей...» Так что родители быстро поверили, что вся эта нездоровая голливудская атмосфера их дочь не коснется. Да и четыре года в Гарварде послужили буфером между Голливудом и реальной жизнью. Ее жизнь была структурирована, а для молодых это, по мнению Портман, очень важно. Ведь начинающие актеры в перерывах между съемками предоставлены самим себе, вот они и творят черт знает что. В университете же преподаватели не меньше родных родителей заинтересованы в успехах и будущем своих студентов.
Преподаватели в Гарварде относились к Натали с уважением и ценили ее незаурядные способности с самого начала. Профессор, у которого Портман занималась на семинаре по юриспруденции и нейробиологии, до сих пор цитирует выдержки из ее научной работы, где она опровергает научность нового метода работы детекторов лжи до того, как их применение стало вызывать множество вопросов и сомнений: «Она была одной из самых ярких студентов на моей памяти. Разделала этот метод под орех, невзирая на то что в классе большинство студентов были под сильным впечатлением от новой методологии». Профессор предложил ей работать его помощником-исследователем и убедил получить диплом на факультете психологии. Еще во время учебы три научных исследования Портман были опубликованы в престижных научных журналах.
Окончив в 2003 году Гарвард, Натали продолжала серьезно думать о будущем, о том, стоит ли ей продолжать актерскую карьеру, или заняться научной исследовательской работой в области психологии и смежных с ней предметов. Чем больше она сомневалась в своем актерском предназначении, тем более настойчиво искала интересные сценарии. И без сомнений согласилась сняться в режиссерском дебюте Зака Браффа «Страна садов» с бюджетом в 2,5 миллиона долларов. Она впервые смогла сыграть по-настоящему эксцентричную героиню. И действительно, стоило ей согласиться, как сразу же нашлись и деньги. С тех пор игра шла по ее правилам. В «Стране садов» Натали по просьбе режиссера снималась без макияжа — она, мол, и так слишком хорошенькая. Один из партнеров по фильму, знаменитый Питер Сарсгаард, был поражен ее «неинтеллектуальным, чисто интуитивным» подходом к игре. Вот она ирония жизни — кто-то считал ее слишком умной, а кто-то не был готов в это поверить. Чересчур умная, чтобы быть хорошей актрисой, или наоборот слишком хорошая актриса, чтобы обладать высоким уровнем интеллекта...
Словно в ответ на этот вопрос прославленный режиссер Майк Николс (его любимейшая актриса — Мерил Стрип) пригласил сняться Портман в романтической комедии «Близость». Ей предложили роль стриптизерши. Натали называла Николса своим «ментором, учителем, папочкой и лучшим другом» с тех пор, как сыграла в поставленном им спектакле «Чайка» по Чехову в 2001 году. Джордж Лукас и Майк Николс сумели тогда скорректировать графики так, чтобы Портман могла летом, в студенческие каникулы, выходить на сцену. Тогда люди по 16 часов стояли в очереди, чтобы купить билет на самый модный и обсуждаемый спектакль сезона в одном из лучших бродвейских театров. В постановке играли Мерил Стрип, Кевин Клайн и Филип Сеймур Хоффман. Он играл Треплева, а Натали — Нину Заречную. Она идеально вписалась во взрослую компанию прославленных актеров. Портман и раньше прекрасно знала русскую литературу (и немного русский язык), но для этой роли изучила все творчество Чехова вдоль и поперек: «Нина сложная натура. Хотя на поверхности, на первый взгляд, кажется невинной инженю, очарованной богемной жизнью. И поэтому, когда у нее начинается роман с Тригориным, сначала думаешь — он пользуется ее неопытностью. От нечего делать хочет сломать ей жизнь, в точности как убивает чайку — из спортивного интереса. Но в пьесе скрываются крохотные ключики-подсказки, и я понимаю, что Нина не похожа на чайку, и Тригорину не удастся ее разрушить. На самом деле она умеет хорошо все просчитывать. И совсем не так невинна, как хочет казаться».
