Законной супругой Андрея Малахова является глава российской версии журнала ELLE Наталья Шкулева. Они познакомились на работе, долгое время скрывали свои отношения. Впервые вместе вышли в свет только в 2009 году. Тогда Андрей официально представил Наталью публике, как свою любимую женщину. Но свадьбу сыграли только в 2011 году, праздновали в Версальском дворце. В ноябре 2017 года в частной столичной клинике у пары родился сын Александр.
В СМИ часто обсуждают возможный развод телеведущего. Вначале были сообщения о том, что Андрей стал встречаться с богатой француженкой Никой Белоцерковской, теперь же появились слухи, что жена Андрея Малахова в открытую стала встречаться с издателем журнала Yachts Сергеем Рыбаковым. В сети Интернет можно найти информацию о том, что супруга Андрея Малахова уехала отдыхать вместе с новым бойфрендом в Болгарию, однако Андрей Малахов в очередной раз заявил, что это всего лишь слухи.
