После похорон Анна в течение двадцати пяти лет не покидала стен дома, где была так счастлива. Добровольное затворничество она выдержала до конца и лишь иногда вечерами выходила на берег. Скамью, на которой вдова сидела, глядя на море, местные жители до сих пор называют «скамьей Анны Никитичны Айвазовской». Первая мировая, революции, Гражданская война — катаклизмы прошлого века прошли мимо этой женщины. Ветвь семьи с фамилией Айвазовские после революции эмигрировала. Галерею национализировали. Но вдове художника негласно позволили остаться в своем доме. Всеми позабытая, она дожила до Великой Отечественной. Срок затворничества к тому времени уже истек, и ее видели на городском рынке обменивающей на продукты чудом сохранившиеся драгоценности. Пережила Айвазовская и немецкую оккупацию. А когда советские войска освободили Крым, старый художник Николай Самокиш забрал ее в Симферополь и поселил в своем доме. Анна Никитична умерла летом 1944 года, ей было восемьдесят восемь лет.
Похоронили Айвазовскую, как она и хотела, рядом с мужем в ограде армянской церкви Святого Саркиса, в которой супруги венчались. На памятнике живописцу, установленном Анной, начертаны слова на древнеармянском языке: «Родился смертным, оставил по себе бессмертную память».
В Третьяковской галерее на Крымском Валу проходит выставка, посвященная 200-летию со дня рождения художника.