Евгений Алдонин родился 22 января 1980 года в Алупке. Его отец был судовым механиком, а мать — заведующей магазином.
Алдонин начал заниматься футболом в детской спортивной школе Алупки.
До 10 класса Женя совмещал учёбу и спорт, играя в чемпионате Крыма.
В возрасте 16 лет молодой футболист переехал в Волгоград из Ялты по приглашению скаутов «Ротора» и стал учиться в спортивном интернате.
В 1997 году Алдонин стал лучшим бомбардиром зонального турнира первенства России среди команд 1980—1981 годов рождения при клубах высшей и первой лиг.
Выступал за клубы: Ротор (1997—2003), Ротор-2 (1997—2000), ЦСКА (Москва, 2004—2013), Мордовия (2012—2013), Волга (НН, 2013—2014), Зоркий (2017—2018).
В 2004—2007 годах выступал за национальную сборную России, сыграл 29 матчей (из них 4 в качестве капитана).
С 2019 года Евгений Алдонин играет за любительский клуб из Санкт-Петербурга Катюша.
В марте 2019 года, после внезапной кончины экс-супруги Юлии Началовой, было решено, что их дочь Вера будет жить в новой семье Евгения Алдонина.
Заслуженный мастер спорта России (2005)
Двукратный чемпион России (2005, 2006)
Пятикратный обладатель кубка России (2005, 2006, 2008, 2009, 2011)
Обладатель Кубка УЕФА 2005
Первая супруга — Юлия Началова, певица (брак с 1 июня 2006 по декабрь 2011 г.г.)
Вторая супруга — Ольга (поженились в 2014 году)
Дочь — Вера (01.12.2006), от первого брака
Сын — Артём (род. в октябре 2016 года), от второго брака
Дочь — Анжелика (родилась 23 ноября 2019 года), от второго брака