Мать Филиппа Киркорова – Виктория Марковна Киркорова, девичья фамилия Лихачёва, родилась 7 апреля 1937 года, по окончанию университета работала в Министерстве иностранных дел. Виктория Киркорова работала вместе с супругом на его концертах, помогала сыну, отвечала на письма поклонниц. Виктория Киркорова покинула близких в 1994 году, умерла от рака.
Отец Филиппа — Бедрос Пилибос Киркоров, болгарский певец, родился 2 июня 1932 года. В 1992 году Бедрос Киркоров получил звание Заслуженного артиста РФ. Он стал первым иностранным гражданином, кому оно было присвоено.
Первой супругой и любовью на всю жизнь у Филиппа Киркорова стала знаменитая певица Алла Пугачева.
С 1994 года по 2005 год состоял с Аллой в официальном браке, был её четвёртым мужем. Пара не только зарегистрировала официально отношения, но и венчалась по православному обряду, выбрав для этого таинства церковь в Иерусалиме. Причины развода неизвестны.
Король поп-эстрады является отцом двух детей, которых ему родила суррогатная мать, биологическая мать детей не известна. Дочь — Алла-Виктория Филипповна, родилась 26 ноября 2011 года, в Майами. Сын — Мартин-Кристо Филиппович, родился на свет также в США, 29 июня 2012 года.
Сейчас Филипп живет в гражданском браке с подругой Натальей Ефремовой, владелицей собственным салоном брендовой одежды. Дети Филлипа Киркорова называют ее "мама Наташа".